AviUtlの「映像系のオブジェクト」の設定ダイアログに共通する「合成モード」という項目では、映像が重なる部分の色を合成する事が出来ます。「合成モード」で、映像が重なる部分の色を合成する際には、下のレイヤーにあるオブジェクトの「合成モード」を設定します。

AviUtlでは、複数のオブジェクトを「グループ化」する事で、グループ化した複数のオブジェクトをドラッグしてタイムライン上を移動させたり、複数のオブジェクトの長さを一括で伸縮させたりする事が出来ます。